La chiesa, in stile barocco, è parte integrante del complesso conventuale di San Francesco e risale agli ultimi decenni del 1300.
Gli altari originali erano tre e dedicati, oltre che alla Vergine Maria, a San Miro e al Corpus Domini.
La chiesa in origine dedicata alla Vergine, venne successivamente dedicata a San Miro in virtù dell’affresco sulla volta raffigurante “La gloria dei SS Miro e Francesco”. Nel 1722 furono intrapresi lavori di consolidamento dell’abside e del campanile, mentre nel 1748 la struttura fu ampliata con la creazione dei cinque altari oggi visibili.
Nel 1839, con il lascito del prevosto don Angelo Sala e con il sostanziale contributo di Giovan Battista Gavazzi, il convento venne trasformato in Ospedale Civile per divenire, dopo la grande guerra, casa di riposo per anziani, funzione che ha mantenuto fino al 1979.
Nel frattempo la chiesa assunse la denominazione di San Francesco. Alla fine degli anni 80 del secolo scorso furono intrapresi lavori di restauro che portarono ad un completo rifacimento conservativo della chiesa e dell’annessa struttura, che oggi prosegue la sua funzione spirituale quale Oasi monastica, per volontà della Curia Arcivescovile di Milano.